La Verna è il luogo scelto da San Francesco per ritirarsi a meditare con i suoi confratelli, un luogo solitario e selvatico, rimosso dalla gente, ideale per far penitenza come disse il conte Orlando Catani quando nel 1213, dopo aver ascoltato Francesco in una predica, gli regalò quella sua proprietà per la salvezza della sua anima. Il compiacimento divino per la scelta del luogo venne avvertita subito dai frati che decisero di isolarsi per lunghi periodi di ritiro sul monte. Non si conosce esattamente quante volte Francesco salì alla Verna ma nel 1224, che probabilmente fù l'ultima volta, chiese a Dio durante la quaresima di poter sperimentare di persona l'amore e il dolore che Gesù Cristo provò durante la sua passione e la sua Pasqua di resurrezione; venne esaudito il 14 settembre durante la festa di esaltazione della croce, quando ebbe il dono delle stimmate, che prima di allora mai nessuno aveva avuto il privilegio di avere. Il prodigio viene ricordato nella chiesa delle Stimmate, che fa parte del convento, dove sul pavimento una pietra ricorda l'esatto punto.

Ad una forte atmosfera spirituale va ad aggiungersi la bellezza del convento risalente alla seconda metà del XIII secolo (costruito dopo la morte del santo), e la ricchezza del luogo sotto il profilo ambientale - paesaggistico. Proprio per questo i frati che tuttora abitano nel convento offrono al pellegrino una meditazione profonda con un' assistenza spirituale e la possibilità di ristorarsi e di fermarsi per il tempo necessario nella foresteria.